Primera ronda

En marzo de 1966, fue robado el premio del Campeonato, la Copa Jules Rimet, que estaba expuesta al público. Se ha lanzado una campaña nacional para encontrar el vaso robado. Como resultado, un perro llamado Pickles encontró una figurita envuelta en papel de periódico en un arbusto en Londres. En caso de que nunca se encontrara la copa original, la Asociación de Fútbol de Inglaterra hizo una copia exacta de la misma (se encuentra almacenada en el Museo Nacional del Fútbol en Preston).

El formato del torneo siguió siendo el mismo que en 1962: 16 equipos se dividieron en cuatro grupos de cuatro participantes cada uno, los dos mejores equipos de cada grupo avanzaron a los cuartos de final. El sorteo de la fase final del torneo tuvo lugar el 6 de enero de 1966 en Londres y fue el primer sorteo de la historia que se retransmitió por televisión. Las selecciones de Inglaterra, Alemania, Brasil e Italia se dividieron inicialmente en diferentes grupos, el resto de participantes se determinaron por sorteo.

A pesar de las cifras récord de asistencia para la época, no se anotaron muchos goles en la Copa del Mundo de 1966 ya que los equipos comenzaron a jugar con un estilo más táctico y defensivo. Un ejemplo ilustrativo en este sentido es la selección de Inglaterra, que finalizó el Grupo 1 en primer lugar con solo cuatro goles marcados, pero sin encajar ni uno solo. Uruguay se convirtió en el segundo equipo en avanzar del Grupo 1, mientras que México y Francia abandonaron el torneo después de la primera ronda. Todos los partidos de este grupo se jugaron en el estadio de Wembley (excepto el partido entre Uruguay y Francia, que se disputó en el White City).

Alemania y Argentina salieron del Grupo 2 con 5 puntos cada uno. El equipo español anotó 2 puntos, mientras que el equipo suizo perdió sus tres partidos.

Los partidos del Grupo 3 se jugaron en el noroeste de Inglaterra, con sede en Old Trafford y Goodison Park. Los campeones del mundo, la selección brasileña, ocuparon solo el tercer lugar del grupo, perdiendo ante Portugal y Hungría. Bulgaria terminó último en el grupo. Los brasileños perdieron ante los húngaros y los portugueses en dos partidos polémicos, arbitrados por los árbitros ingleses Ken Dagnall y George McCabe respectivamente, quienes ignoraron un alto número de faltas contra jugadores clave de Brasil. Era la primera vez que Portugal competía en una final de la Copa del Mundo y se desempeñaba extremadamente bien, ganando los tres partidos de la fase de grupos, gracias en gran parte al delantero Eusebio, quien se convirtió en el máximo goleador del torneo con nueve goles.

En el grupo 4 también hubo sensación. El equipo de Corea del Norte venció al equipo italiano 1-0 y salió del grupo en el segundo lugar junto con el equipo de la URSS, que ocupó el primer lugar. Los italianos y chilenos no lograron salir del grupo.

​

etapa de playoffs

En los 1/4 de final, la selección alemana venció a Uruguay con marcador de 4: 0, pero los sudamericanos culparon de este resultado al árbitro (fue Jim Finney), quien no notó la mano de Schnellinger en la línea de gol y envió ante dos jugadores de la selección uruguaya, Corea ganaba 3-0 a Portugal, pero gracias al "póquer" de Eusebio y al gol de José Augusto, Portugal pudo ganar este gran partido.

El partido de 1/4 de la final entre las selecciones nacionales de la URSS y Hungría terminó con la victoria de los futbolistas soviéticos con una puntuación de 2: 1. En el partido entre las selecciones de Argentina e Inglaterra, los británicos ganaron con un puntaje mínimo. El árbitro expulsó al jugador de la selección argentina Antonio Rattin en este encuentro. Posteriormente, el árbitro alemán Rudolf Kreitlein admitió que expulsó a Rattin porque no le gustaba la forma en que lo miraba (cabe señalar que el árbitro no sabía español)

En el primer partido de semifinales se enfrentaron los equipos de Inglaterra y Portugal. Originalmente se planeó celebrar la primera semifinal en Goodison Park en Liverpool, pero los funcionarios del fútbol inglés trasladaron la sede del partido al Wembley de Londres. Otra semifinal también terminó con un marcador de 2: 1: el equipo alemán ganó contra el equipo de la URSS. En el partido por el tercer puesto, los portugueses derrotaron a la selección de la URSS con un marcador de 2: 1. Estos logros (lugares 3 y 4) aún (2014) siguen siendo los logros más altos de Portugal y la URSS en los campeonatos mundiales.